Κάθε φοιτητής στο τέλος του 3 ου εξαμήνου σπουδών θα πρέπει να έχει επιλέξει το αντικείμενο της Διπλωματικής Εργασίας (ΔΕ) που θα επιθυμούσε να διαπραγματευτεί, όπως αυτό προβλέπεται στον κανονισμό σπουδών του ΠΜΣ. Το θέμα θα πρέπει να σχετίζεται με το περιεχόμενο του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ).
Όταν επιλεγεί το θέμα, συμπληρώνεται και υποβάλλεται στην Γραμματεία ειδικό έντυπο υπογεγραμμένο από τον φοιτητή. Στη συνέχεια η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) ορίζει την Τριμελή Εξεταστική Επιτροπή (ΤΕΕ). Το θέμα της ΔΕ και η σύνθεση της Τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής υποβάλλονται για έγκριση στην Γενική Συνέλευση της Ιατρικής Σχολής.
Ο επιβλέπων πρέπει να είναι μέλος ΔΕΠ ενώ τα άλλα δύο μέλη της τριμελούς επιτροπής πρέπει να είναι μέλη ΔΕΠ, ή διδάσκοντες του ΠΜΣ κάτοχοι διδακτορικού. Σε όλη τη διάρκεια εκπόνησης της ΔΕ πρέπει να υπάρχει συνεργασία του ΜΦ με τον επιβλέποντα καθηγητή και την ΤΕΕ.
Οι διπλωματικές εργασίες πρέπει να είναι κατά κύριο λόγο ερευνητικές και να έχουν ως στόχο τους την παραγωγή νέας γνώσης στο πεδίο της Αναπνευστικής Ανεπάρκειας και του Μηχανικού αερισμού, σύμφωνα με τον κανονισμό σπουδών. Η έγκριση της εργασίας από το επιστημονικό συμβούλιο του ιδρύματος που θα πραγματοποιηθεί είναι απαραίτητη και αποτελεί ευθύνη του ΜΦ. Ο φόρτος εργασίας συνυπολογίζεται στο χρόνο και τις πιστωτικές μονάδες εκπόνησης της Διπλωματικής του Εργασίας
